Analiza mikrobioty jelitowej krów mlecznych

Usługi doradcze w zakresie działalności gospodarczej, w tym usługi badawcze i eksperymentalno-rozwojowe

Tryb zamówienia	Zapytanie ofertowe
Rodzaj zamówienia	Usługi
Tytuł	Analiza mikrobioty jelitowej krów mlecznych
Zamawiający	Dostępne dla zalogowanych
Miejsce realizacji	Polska
Data publikacji	2025-09-21
Data składania ofert	29/09/2025, Godzina 01:00
Dokumenty do pobrania	Dostępne dla zalogowanych
Kod CPV	731000003 Usługi badawcze i eksperymentalno-rozwojowe
Numer przetargu	6557161

<div>
 <h1>Przeprowadzenie prac badawczo-rozwojowych w zakresie analizy mikrobioty jelitowej krów mlecznych w projekcie pt. „Opracowanie synergicznych premiksów i dodatków do TMR ograniczających emisję metanu oraz wpływających korzystnie na dobrostan bydła i wydajność hodowli” w ramach Programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki (2021-2027) Priorytet I Wsparcie dla przedsiębiorców, Działanie Ścieżka SMART, nabór FENG.01.01-IP.01-002/25 – Ścieżka SMART – Projekty realizowane w konsorcjach</h1>

<h2>Załączniki</h2>
 <ul>
 <li>Zapytanie ofertowe_KyaNatural.pdf</li>
 <li>Załącznik nr 1_KyaNatural_Formularz oferty.docx</li>
 <li>Załącznik nr 2_KyaNatural_Oświadczenie o braku powiązań.docx</li>
 <li>Załącznik nr 3_KyaNatural_Oświadczenie sankcyjne.docx</li>
 <li>Załącznik nr 4_KyaNatural_Oświadczenie dot. zasobów.docx</li>
 </ul>
 
 <h2>Części zamówienia</h2>

<h3>Analiza mikrobioty jelitowej krów mlecznych</h3>
 Przedmioty zamówienia
 Przedmiotem zamówienia jest przeprowadzenie prac B+R w zakresie analizy mikrobioty jelitowej krów mlecznych na potrzeby KYA Natural Company sp. z o.o. w projekcie pt. „Opracowanie synergicznych premiksów i dodatków do TMR ograniczających emisję metanu oraz wpływających korzystnie na dobrostan bydła i wydajność hodowli” zgłaszanym w naborze nabór FENG.01.01-IP.01-002/25. Przedmiot zamówienia obejmuje terenowy pobór próbek kału od krów mlecznych w warunkach bioasekuracji (stabilizacja materiału do 15 minut od pobrania, oznakowanie kodami 2D, zamrożenie ≤ −80°C w ciągu 72 godzin), izolację DNA z zastosowaniem metod dostosowanych do materiału bogatego w inhibitory, ocenę jakości (A260/280 w zakresie 1,8–2,0, brak degradacji w elektroforezie), przygotowanie bibliotek sekwencyjnych regionu V3–V4 genu 16S rDNA, sekwencjonowanie na platformie Illumina w trybie parowanym ≥2×250 nt (pełne pokrycie fragmentu) oraz analizę bioinformatyczną (wyznaczenie jednostek sekwencyjnych, klasyfikacja taksonomiczna z użyciem baz SILVA/GTDB, analiza różnorodności alfa i beta, testy PERMANOVA z korekcją FDR). Efektem będzie raport końcowy oraz przygotowane fragmenty manuskryptów dokumentujących wyniki badań. 
Zlecane zadanie obejmuje: 
1.	Pobranie i zabezpieczenie materiału w miejscu prowadzenia doświadczenia – pobór próbek kału od krów mlecznych w trzech punktach czasowych (dzień 0, dzień 30, dzień 60) z dwóch grup zwierząt (kontrolna i doświadczalna), przy liczności 20 zwierząt w każdej grupie, co daje 120 próbek podstawowych. Każda próbka będzie pobrana w duplikacie technicznym, dodatkowo w każdym punkcie czasowym zostaną uwzględnione próby ślepe i społeczności wzorcowe (mock community) oraz dodatek spike-in do oceny efektywności całego łańcucha. Stabilizacja materiału nastąpi w ciągu 15 minut od pobrania, oznakowanie kodami 2D i rejestracja w formularzach śledzenia, transport w kontrolowanej temperaturze oraz zamrożenie do ≤ −80°C w ciągu 72 godzin. 
Czas trwania etapu: 3 miesiące. Szacowany koszt netto: 36 000 PLN. 
2.	Izolacja DNA, kontrola jakości i przygotowanie bibliotek sekwencyjnych – izolacja DNA z 120 próbek podstawowych oraz materiałów kontrolnych (łącznie do ok. 150 próbek uwzględniając duplikaty i kontrole), z zastosowaniem procedur dostosowanych do materiału bogatego w inhibitory. Kontrola jakości obejmie pomiar stężenia fluorometrycznego, ocenę integralności DNA (TapeStation) oraz sprawdzenie czystości (A260/280 w zakresie 1,8–2,0, brak degradacji na elektroforezie). Przygotowane zostaną biblioteki obejmujące region V3–V4 genu 16S rDNA (startery 341F/806R) wraz z próbami kontrolnymi negatywnymi i pozytywnymi oraz spike-in. 
Czas trwania etapu: 2 miesiące. Szacowany koszt netto: 44 000 PLN. 
3.	Sekwencjonowanie regionu V3–V4 genu 16S rDNA – sekwencjonowanie 150 bibliotek na platformie Illumina w trybie parowanym 2×250 nt, co umożliwi pełne pokrycie ampliconu (~460 par zasad). Minimalna głębokość zakładana to 25 000 par odczytów na próbkę, z zastosowaniem procedur równoważenia puli i randomizacji rozmieszczenia próbek na płytkach, aby ograniczyć efekty wsadowe. Z każdej sesji sekwencjonowania zostaną przekazane pliki FASTQ, metadane i raport jakości. 
Czas trwania etapu: 3 miesiące. Szacowany koszt netto: 48 000 PLN. 
4.	Analiza bioinformatyczna, statystyczna i opracowanie wyników – obróbka danych z 150 próbek w pipeline bioinformatycznym (wyznaczanie jednostek sekwencyjnych ASV, usuwanie sekwencji chimerowych, filtrowanie zanieczyszczeń na podstawie prób ślepych i spike-in). Klasyfikacja taksonomiczna zostanie wykonana z użyciem bazy SILVA/GTDB, obliczona zostanie różnorodność alfa (Shannon, Faith’s PD) i beta (Bray–Curtis, UniFrac). Istotność różnic między grupami oceniona zostanie z kontrolą błędu wielokrotnego (FDR). Analizy zostaną uzupełnione o integrację z metadanymi dotyczącymi grup, dawek i punktów czasowych. Rezultatem będzie raport końcowy (metody, QA/QC, wyniki, interpretacja, ograniczenia) oraz przygotowane fragmenty manuskryptów. Czas trwania etapu: 4 miesiące. Szacowany koszt netto: 32 000 PLN. 
 
1. Niniejsze postępowanie o udzielenie zamówienia prowadzone jest w trybie Zapytania ofertowego, zgodnie z zasadą konkurencyjności, określoną w Wytycznych Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej w zakresie kwalifikowalności wydatków na lata 2021-2027, 
2.	Postępowanie prowadzone jest w języku polskim. 
3.	Zamawiający nie przewiduje możliwości złożenia ofert częściowych. 
4.	Zamawiający nie przewiduje możliwości złożenia ofert wariantowych. 
5.	Zamawiający nie przewiduje zwrotu kosztów udziału w postępowaniu. 
6.	Zamawiający zastrzega sobie możliwość modyfikacji zapytania ofertowego wraz z załącznikami, przed upływem terminu do składania ofert zmiany zapytania ofertowego. Jeśli będzie to konieczne zostanie wydłużony czas niezbędny do wprowadzenia zmian w ofertach. 
7.	Zamawiający zastrzega sobie możliwość unieważnienia postępowania na każdym etapie, jeśli z powodu okoliczności, których nie przewidywał lub nie mógł przewidzieć, udzielenie zamówienia nie leży w interesie Zamawiającego lub z innych przyczyn stało się niecelowe. 
8.	W razie unieważnienia postępowania Wykonawcom nie przysługuje roszczenie odszkodowawcze w stosunku do Zamawiającego.

Okres gwarancji: 24 miesiące
 
 <h2>Kryteria oceny</h2>
 Łączna cena netto przedmiotu zamówienia (Pc) 
Punktacja: 
Pc = (Cn x 80) / Cb 
gdzie: 
Pc – pkt za kryterium cenowe 
Cn – łączna cena netto najniższej oferty 
Cb – łączna cena netto badanej oferty 
Oferta za kryterium „Łączna cena netto przedmiotu zamówienia” może otrzymać maksymalnie 80 pkt.
 Kryterium “jednostka naukowa/instytut badawczy” 
Wykonawca ma status jednostki naukowej lub instytutu badawczego – 15 pkt 
Wykonawca nie ma statusu jednostki naukowej lub instytutu badawczego – 0 pkt
 „Zielone kryterium” 
Wykonawca posiada ISO 14001 lub EMAS lub równoważny – 5 pkt 
Wykonawca nie posiada certyfikatu ISO 14001 lub EMAS – 0 pkt
 
 <h2>Warunki zmiany umowy</h2>

ISTOTNE ZMIANY WARUNKÓW UMOWY 
1.	Zamawiający przewiduje możliwość zmian postanowień zawartej umowy w stosunku do treści oferty, na podstawie której dokonano wyboru Wykonawcy, w przypadku wystąpienia co najmniej jednej z okoliczności wymienionych poniżej, z uwzględnieniem podawanych warunków ich wprowadzenia, tj.: 
1)	zmiany dotyczą realizacji dodatkowych dostaw od dotychczasowego Wykonawcy nieobjętych zamówieniem podstawowym, o ile stały się niezbędne i zostały spełnione łącznie następujące warunki: 
a)	zmiana Wykonawcy nie może zostać dokonana z powodów ekonomicznych lub technicznych, w szczególności dotyczących zamienności lub interoperacyjności sprzętu, usług lub instalacji, zamówionych w ramach zamówienia podstawowego, 
b)	zmiana Wykonawcy spowodowałaby istotną niedogodność lub znaczne zwiększenie kosztów dla Zamawiającego, 
c)	wartość każdej kolejnej zmiany nie przekracza 50% wartości zamówienia określonej pierwotnie w umowie, 
2)	zmiana nie prowadzi do zmiany charakteru umowy i zostały spełnione łącznie następujące warunki: 
a)	konieczność zmiany umowy spowodowana jest okolicznościami, których Zamawiający, działając z należytą starannością, nie mógł przewidzieć, 
b)	wartość zmiany nie przekracza 50% wartości zamówienia określonej pierwotnie w umowie, 
3)	Wykonawcę, któremu Zamawiający udzielił zamówienia, ma zastąpić nowy Wykonawca: 
a)	w wyniku sukcesji, wstępując w prawa i obowiązki Wykonawcy, w następstwie przejęcia, połączenia, podziału, przekształcenia, upadłości, restrukturyzacji, dziedziczenia lub nabycia dotychczasowego Wykonawcy lub jego przedsiębiorstwa, o ile nowy Wykonawca spełnia warunki udziału w postępowaniu oraz nie pociąga to za sobą innych istotnych zmian umowy, a także nie ma na celu uniknięcia stosowania zasady konkurencyjności, lub, 
b)	w wyniku przejęcia przez Zamawiającego zobowiązań Wykonawcy względem jego podwykonawców – w przypadku zmiany podwykonawcy Zamawiający może zawrzeć umowę z nowym podwykonawcą bez zmiany warunków realizacji zamówienia z uwzględnieniem dokonanych płatności z tytułu dotychczas zrealizowanych prac, 
4)	zmiana nie prowadzi do zmiany charakteru umowy a łączna wartość zmian jest mniejsza niż 140 000 euro i jednocześnie jest mniejsza od 10% wartości zamówienia określonej pierwotnie w umowie, 
5)	zmiana sposobu rozliczania umowy, dokonywania płatności lub konieczność zmiany terminu realizacji na rzecz każdej ze Stron, na umotywowany ich wniosek, 
6)	wystąpienia konieczności zwiększenia / zmniejszenia zakresu przedmiotu zamówienia o wartości 10% 
7)	wystąpienia siły wyższej, 
8)	zmiana wynika z okoliczności wywołanych wystąpieniem epidemii choroby COVID-19. 
 
2.	Ponadto Zamawiający dopuszcza istotne zmiany postanowień umowy w następujących przypadkach i zakresie: 
1)	sposobu wykonania przedmiotu umowy wskutek wystąpienia okoliczności, których Zamawiający i Wykonawca nie byli w stanie przewidzieć, pomimo zachowania należytej staranności, 
2)	wynagrodzenia w przypadku zmiany przepisów podatkowych, w szczególności zmiany stawki podatku od towarów i usług, 
3)	zmian powszechnie obowiązujących przepisów prawa w zakresie mającym wpływ na realizację umowy, 
4)	zmiany zasad płatności wynagrodzenia Wykonawcy, gdy konieczność wprowadzania zmian będzie następstwem postanowień innych umów mających związek z umową dotyczącą niniejszego postępowania a konieczność wprowadzenia zmian wynika z okoliczności, których nie można było przewidzieć w chwili zawarcia umowy 
5)	innych zmian na skutek okoliczności, których Strony nie mogły przewidzieć w chwili zawarcia umowy, 
6)	zmiany okresu realizacji przedmiotu umowy, zmiany zakresu przedmiotu umowy w ramach całego projektu wynikającej z potrzeb Zamawiającego w przypadku zaakceptowania przez Instytucję będącą stroną Umowy o dofinansowanie projektu zmian we Wniosku o dofinansowanie. 
3. Zamawiający zastrzega sobie możliwość rezygnacji z dalszych prac: 
a)	Jeżeli w trakcie przeprowadzania prac w poszczególnych zadaniach okaże się konieczna zmiana zakresu trwającego zadania lub kolejnego zaplanowanego zadania, wówczas Wykonawcy przysługiwać będzie wynagrodzenie za dotychczas zrealizowane prace. 
b)	Jeżeli wyniki prac okażą się niezgodne z założeniami określonymi w projekcie, wówczas Wykonawcy przysługiwać będzie wynagrodzenie za dotychczas zrealizowane prace. 
4.	Zmiany umowy wymagają dla swej ważności aneksu w formie pisemnej pod rygorem nieważności.
 </div>