91.2025 Wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu

Usługi doradcze w zakresie działalności gospodarczej, w tym usługi badawcze i eksperymentalno-rozwojowe

Tryb zamówienia	Korekta
Rodzaj zamówienia	Usługi
Tytuł	91.2025 Wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu
Zamawiający	Dostępne dla zalogowanych
Miejsce realizacji	Wrocław
Data publikacji	2025-09-04
Data składania ofert	12/09/2025, Godzina 09:00
Dokumenty do pobrania	Dostępne dla zalogowanych
Dotyczy zamówienia	20-08-2025/6478417
Kod CPV	731200009 Usługi eksperymentalno-rozwojowe 731100006 Usługi badawcze
Numer korekty	6516110

<body><h1>Ogłoszenie o zmianie ogłoszenia<br>91.2025 Wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu</h1><h2>SEKCJA I - ZAMAWIAJĄCY</h2><h3>1.1.) Nazwa zamawiającego:<span>Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu</span></h3><h3>1.3.) Krajowy Numer Identyfikacyjny:<span>REGON 000288981</span></h3><h3>1.4.) Adres zamawiającego:</h3><h3>1.4.1.) Ulica:<span>Wybrzeże Ludwika Pasteura 1</span></h3><h3>1.4.2.) Miejscowość:<span>Wrocław</span></h3><h3>1.4.3.) Kod pocztowy:<span>50-367</span></h3><h3>1.4.4.) Województwo:<span>dolnośląskie</span></h3><h3>1.4.5.) Kraj:<span>Polska</span></h3><h3>1.4.6.) Lokalizacja NUTS 3:<span>PL514 - Miasto Wrocław</span></h3><h3>1.4.9.) Adres poczty elektronicznej:<span>monika.komorowska@umw.edu.pl</span></h3><h3>1.4.10.) Adres strony internetowej zamawiającego:<span>www.umw.edu.pl</span></h3><h3>1.5.) Rodzaj zamawiającego:<span>Zamawiający publiczny - jednostka sektora finansów publicznych - uczelnia publiczna</span></h3><h3>1.6.) Przedmiot działalności zamawiającego:<span>Edukacja</span></h3><h2>SEKCJA II – INFORMACJE PODSTAWOWE</h2><h3>2.1.) Numer ogłoszenia:<span>2025/BZP 00407744</span></h3><h3>2.2.) Data ogłoszenia:<span>2025-09-04</span></h3><h2>SEKCJA III ZMIANA OGŁOSZENIA</h2><h3>3.2.) Numer zmienianego ogłoszenia w BZP:<span>2025/BZP 00380782</span></h3><h3>3.3.) Identyfikator ostatniej wersji zmienianego ogłoszenia:<span>01</span></h3><h3>3.4.) Identyfikator sekcji zmienianego ogłoszenia:</h3>SEKCJA IV – PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA<h3>3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:</h3>4.2.2.  Krótki opis przedmiotu zamówienia<p>Przed zmianą:<br>1.	Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu.<br>2.	Krótki opis przedmiotu zamówienia:<br>Przedmiot zamówienia obejmuje:<br>1)	Wykonanie analizy molekularnej o rozdzielczości subkomórkowej na skrawkach tkanek FFPE, tkanki w postaci mikromacierzy tkankowych, brak konieczności optymalizacji próbek przed analizą.<br>2)	Analizę ludzkich tkanek nowotworu piersi z wykorzystaniem systemu do analizy opartego o dedykowane, wysoce specyficzne sondy i odczyt sygnału fluorescencyjnego.<br>3)	Wykonanie analizy dla minimum 20 skrawków, przeanalizowanie minimum 47cm2 tkanki.<br>4)	Dla każdej próbki analiza przynajmniej 280 genów ludzkich - gotowy panel sond zaprojektowany i przetestowany przez producenta.<br>5)	Możliwość dodania do 100 genów do analizowanej puli, w tym możliwość zaprojektowania sond do wykonania izoform, transgenów i translokacji.<br>6)	Analizę o rozdzielczości subkomórkowej, precyzja lokalizacji transkryptu w płaszczyźnie xy nie gorsza niż 30 nm, dla każdego wykrytego transkryptu muszą być podane współrzędne xyz.<br>7)	W celu precyzyjnego wykrycia komórek segmentacja oparta na minimum 3 lub 4 poziomowym systemie barwienia: jąder komórkowych i/lub białek błonowych i/lub cytoplazmatycznych i/lub 18S r RNA.<br>8)	Proces analizy nie może mieć niszczącego wpływu na analizowaną tkankę, aby po zakończeniu analizy była możliwość wykonania barwienia H&amp;E lub immunofluorescencji dokładnie na tym samym, badanym skrawku.<br>9)	Wykorzystany do analizy system, na podstawie zebranych sygnałów fluorescencyjnych, musi automatycznie wykonywać analizę danych, to znaczy: segmentację i klastrowanie komórek, wykonywanie transkryptów i wizualizowanie ich lokalizacji na tkance, podawanie liczby wykrytych transkryptów. Przeanalizowane dane dostarczone w takiej formie, że nie jest konieczna zaawansowana analiza bioinformatyczna.<br>10)	Wyniki analizy/badania przygotowywane przez Wykonawcę w formacie nie wymagającym zakupy dodatkowego oprogramowania przez Zamawiającego. Producent systemu do analizy musi udostępniać darmowe, bez limitu licencji, oprogramowanie do wizualizacji, automatycznie przeanalizowanych wyników, które można pobrać bezpośrednio z jego strony internetowej. Oprogramowanie niewymagające dedykowanego komputera o dużej mocy obliczeniowej.<br>11)	Oprogramowanie do wizualizacji musi również umożliwiać pobranie zdjęcia po barwieniu H&amp;E lub IF i nałożenie na zdjęcie wyników analizy molekularnej.<br>12)	Przekazywane przez Wykonawcę dane musza być w formacie otwartym, umożliwiającym ich wykorzystanie w innych, komercyjnie dostępnych, oprogramowaniach.<br>13)	skrojony i nałożony na slajdy materiał może być dostarczony jednorazowo lub etapami w zależności od wymagań wykonawcy, uzyskane wyniki wykonawca będzie dostarczać każdorazowo po zakończeniu partii badań wraz z odesłaniem slajdów ze skrawkami.<br>14)	Czas na wykonanie przedmiotu zamówienia  maksymalnie do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań.<br>3.	Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia, w tym  warunki i zasady realizacji tego przedmiotu zamówienia, określa Wzór umowy (załącznik nr 3 do SWZ).</p><p>Po zmianie:<br>1.	Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu.<br>2.	Krótki opis przedmiotu zamówienia:<br>Przedmiot zamówienia obejmuje:<br>1)	Wykonanie analizy molekularnej o rozdzielczości subkomórkowej na skrawkach tkanek FFPE, tkanki w postaci mikromacierzy tkankowych, brak konieczności optymalizacji próbek przed analizą.<br>2)	Analizę ludzkich tkanek nowotworu piersi z wykorzystaniem systemu do analizy opartego o dedykowane, wysoce specyficzne sondy i odczyt sygnału fluorescencyjnego.<br>3)	Wykonanie analizy dla minimum 20 skrawków, przeanalizowanie minimum 47cm2 tkanki.<br>4)	Dla każdej próbki analiza przynajmniej 280 genów ludzkich - gotowy panel sond zaprojektowany i przetestowany przez producenta.<br>5)	Możliwość dodania do 100 genów do analizowanej puli, w tym możliwość zaprojektowania sond do wykonania izoform, transgenów i translokacji.<br>6)	Analizę o rozdzielczości subkomórkowej, precyzja lokalizacji transkryptu w płaszczyźnie xy nie gorsza niż 30 nm, dla każdego wykrytego transkryptu muszą być podane współrzędne xyz.<br>7)	W celu precyzyjnego wykrycia komórek segmentacja oparta na minimum 3 lub 4 poziomowym systemie barwienia: jąder komórkowych i/lub białek błonowych i/lub cytoplazmatycznych i/lub 18S r RNA.<br>8)	Proces analizy nie może mieć niszczącego wpływu na analizowaną tkankę, aby po zakończeniu analizy była możliwość wykonania barwienia H&amp;E lub immunofluorescencji dokładnie na tym samym, badanym skrawku.<br>9)	Wykorzystany do analizy system, na podstawie zebranych sygnałów fluorescencyjnych, musi automatycznie wykonywać analizę danych, to znaczy: segmentację i klastrowanie komórek, wykonywanie transkryptów i wizualizowanie ich lokalizacji na tkance, podawanie liczby wykrytych transkryptów. Przeanalizowane dane dostarczone w takiej formie, że nie jest konieczna zaawansowana analiza bioinformatyczna.<br>10)	Wyniki analizy/badania przygotowywane przez Wykonawcę w formacie nie wymagającym zakupy dodatkowego oprogramowania przez Zamawiającego. Producent systemu do analizy musi udostępniać darmowe, bez limitu licencji, oprogramowanie do wizualizacji, automatycznie przeanalizowanych wyników, które można pobrać bezpośrednio z jego strony internetowej. Oprogramowanie niewymagające dedykowanego komputera o dużej mocy obliczeniowej.<br>11)	Oprogramowanie do wizualizacji musi również umożliwiać pobranie zdjęcia po barwieniu H&amp;E lub IF i nałożenie na zdjęcie wyników analizy molekularnej.<br>12)	Przekazywane przez Wykonawcę dane musza być w formacie otwartym, umożliwiającym ich wykorzystanie w innych, komercyjnie dostępnych, oprogramowaniach.<br>13)	skrojony i nałożony na slajdy materiał może być dostarczony jednorazowo lub etapami w zależności od wymagań wykonawcy, uzyskane wyniki wykonawca będzie dostarczać każdorazowo po zakończeniu partii badań wraz z odesłaniem slajdów ze skrawkami.<br>14)	Czas na wykonanie przedmiotu zamówienia  maksymalnie do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań.<br>15)	Zamawiający w celu realizacji przedmiotu zamówienia, zapewni Wykonawcy odczynniki do analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie firmy 10XGenomiscs.<br>3.	Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia, w tym  warunki i zasady realizacji tego przedmiotu zamówienia, określa Wzór umowy (załącznik nr 3 do SWZ).</p><h3>3.4.) Identyfikator sekcji zmienianego ogłoszenia:</h3>SEKCJA IX - POZOSTAŁE INFORMACJE<h3>3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:</h3>9.1.  Informacje dodatkowe<p>Przed zmianą:<br>1.	Termin realizacji przedmiotu zamówienia: Wykonawca będzie realizował przedmiot zamówienia w terminie od dnia podpisania umowy do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań, w zależności od tego, które ze zdarzeń nastąpi pierwsze.<br>2.	Termin realizacji zamówienia został określony datą, z uwagi na konieczność realizacji i rozliczenia dofinansowania w ramach umowy o objęcie wsparciem środków Krajowego Programu Odbudowy nr: 2024/ABM/03/KPO/KPOD.07.07-IW.07-0071/24-00 pn.: „Ocena zmian profilu ekspresji genów zależnych od PIP (prolactin-induced protein) w zależności od podtypu molekularnego raka gruczołu piersiowego w aspekcie odpowiedzi na chemioterapię" - Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu. Numer projektu: KPOD.07.07-IW.07-0071/24.</p><p>Po zmianie:<br>1.	Termin realizacji przedmiotu zamówienia: Wykonawca będzie realizował przedmiot zamówienia w terminie od dnia podpisania umowy do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań, w zależności od tego, które ze zdarzeń nastąpi pierwsze.<br>2.	Termin realizacji zamówienia został określony datą, z uwagi na konieczność realizacji i rozliczenia dofinansowania w ramach umowy o objęcie wsparciem środków Krajowego Programu Odbudowy nr: 2024/ABM/03/KPO/KPOD.07.07-IW.07-0071/24-00 pn.: „Ocena zmian profilu ekspresji genów zależnych od PIP (prolactin-induced protein) w zależności od podtypu molekularnego raka gruczołu piersiowego w aspekcie odpowiedzi na chemioterapię" - Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu. Numer projektu: KPOD.07.07-IW.07-0071/24.<br>3. Przedmiot zamówienia zostanie zrealizowany w trzech etapach, z których dwa pierwsze zakończą się Raportem Częściowym, a ostatni Raportem końcowym:<br>a) Etap I – analiza 2 szkiełek (4 skrawków tkanki) w terminie 10 dni od dnia otrzymania szkiełek od Zamawiającego,<br>b) Etap II – analiza 5 szkiełek (10 skrawków tkanki) w terminie 25 dni od dnia otrzymania szkiełek od Zamawiającego,<br>c) Etap III - analiza 3 szkiełek (6 skrawków tkanki) oraz dodatkowo analizowanych skrawków tkanek utrwalonych w parafinie w przypadku deklaracji Wykonawcy w Formularzu ofertowym, w terminie do 15.12.2025 r.</p><h3>3.4.) Identyfikator sekcji zmienianego ogłoszenia:</h3>SEKCJA VIII - PROCEDURA<h3>3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:</h3>8.1.  Termin składania ofert<p>Przed zmianą:<br>2025-09-08 09:00</p><p>Po zmianie:<br>2025-09-12 09:00</p><h3>3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:</h3>8.3.  Termin otwarcia ofert<p>Przed zmianą:<br>2025-09-08 09:15</p><p>Po zmianie:<br>2025-09-12 09:15</p><h3>3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:</h3>8.4.  Termin związania ofertą<p>Przed zmianą:<br>2025-10-07</p><p>Po zmianie:<br>2025-10-11</p></body>