Usługa wykonania analiz zestawów danych genomowych oraz ....

Usługi doradcze w zakresie działalności gospodarczej, w tym usługi badawcze i eksperymentalno-rozwojowe

Tryb zamówienia	Zapytanie ofertowe
Rodzaj zamówienia	Usługi
Tytuł	Usługa wykonania analiz zestawów danych genomowych oraz ....
Zamawiający	Dostępne dla zalogowanych
Miejsce realizacji	Kraków
Data publikacji	2025-03-24
Data składania ofert	01/04/2025, Godzina 10:00
Dokumenty do pobrania	Dostępne dla zalogowanych
Kod CPV	731110003 Laboratoryjne usługi badawcze
Numer przetargu	6141372

<div>
    <h1>Usługa wykonania analiz zestawów danych genomowych oraz fenotypowych przy pomocy wielkoskalowych metod statystycznych i algorytmów sztucznej inteligencji dla potrzeb Instytutu Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk w Krakowie przy realizacji projektu pn: &quot;Wielogenowe predyktory skuteczności farmakoterapii dostosowane do wieku pacjenta&quot; nr KPOD.07.07-IW.07-0099/24 w ramach Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności.</h1>

<h2>Załączniki</h2>
    <ul>
            <li><a href="https://bazakonkurencyjnosci.funduszeeuropejskie.gov.pl/api/files/1928152">Zaproszenie do składania ofert</a></li>
            <li><a href="https://bazakonkurencyjnosci.funduszeeuropejskie.gov.pl/api/files/1928156">Zał. 1 - Formularz ofertowy IF-ZNP-06-2025</a></li>
        </ul>
    
    <h2>Części zamówienia</h2>

<h3>Usługa wykonania analiz zestawów danych genomowych oraz ....</h3>
        <strong>Przedmioty zamówienia</strong>
                    <p>Zamawiający zleca wykonanie analizy zestawów danych genomowych oraz fenotypowych przy pomocy wielkoskalowych metod statystycznych i algorytmów sztucznej inteligencji. Szczegółowo zadanie dotyczy przeprowadzenia badań asocjacyjnych oraz utworzenia i walidacji modeli predykcyjnych przewidujących indywidualne profile odpowiedzi lekowej. Dane wejściowe zostaną przygotowane przez Zamawiającego w ramach przedmiotowego projektu. Planowane jest wykorzystanie takich metod uczenia maszynowego jak REGENIE, LDAK-KVIK, XGBoost, CI-GWAS oraz metod agregacji wariantów genetycznych jak LOFTEE czy missense deleteriousness metric (MPC). Zamówienie obejmuje przygotowanie danych oraz wykonanie analiz ok. 2.5M wariantów genetycznych (odczyty ok. 500 000 genomów) oraz danych fenotypowych (pomiędzy 500 a 2000 parametrów dla 230 000 osób zgromadzonych w bazie UKB). <br />
<br />
Zamówienie obejmuje wykonanie oceny skuteczności i porównania różnych modeli predykcyjnych na zestawie danych testowych. W ramach zamówienia wykonane zostanie trenowanie i testowanie modeli obliczeniowych na danych uczących w środowisku chmurowym platformy RAP obsługującej bank genomów UKB. W ramach zamówienia należy zaimplementować i rozwinąć zestaw metod i narzędzi bioinformatycznych, w tym wykorzystujących uczenie maszynowe. Wyniki analizy powinny zostać przedstawione w postaci zestawów tabelarycznych oraz raportów opisujących efekty prac wraz z wizualizacjami, które będą wykorzystywane w publikacjach naukowych. Realizacja prac i zastosowana metodyka musi być adekwatnie udokumentowana i opisana w środowisku GitHub przy użyciu języka angielskiego. Wykonawca będzie zobowiązany każdorazowo do przeprowadzenia analiz w terminie 30 dni od dnia przekazania mu zestawu danych przez Zamawiającego.<br />
<br />
Umowa będzie obowiązywać od dnia podpisania do dnia 31.03.2026 r.<br />
Przedmiot zamówienia dotyczy projektu pn: &quot;Wielogenowe predyktory skuteczności farmakoterapii dostosowane do wieku pacjenta&quot; nr KPOD.07.07-IW.07-0099/24 w ramach Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności, Komponent D Efektywność, dostępność i jakość systemu ochrony zdrowia, Inwestycja D3.1.1 Kompleksowy rozwój badań w zakresie nauk medycznych i nauk o zdrowiu, Konkurs nr 2024/ABM/03/KPO dla jednostek naukowych na realizację badań o charakterze aplikacyjnym w obszarze biomedycznym, który jest realizowany przez Zamawiającego.<br />
 <br />
Osoby zdolne do wykonania zamówienia<br />
<br />
Opis<br />
<br />
O udzielenie zamówienia mogą ubiegać się Oferenci, którzy posiadają wiedzę i multidyscyplinarne doświadczenie z zakresu stosowania algorytmów do analizy dużych zbiorów danych, uczenia maszynowego, wielkoskalowej genetyki człowieka oraz farmakogenomiki potwierdzone współautorstwem w co najmniej 5 publikacjach naukowych w czasopismach o zasięgu międzynarodowym. Do realizacji zamówienia wymagane jest wyższe wykształcenie matematyczne lub informatyczne oraz znajomość języka angielskiego. Zdolność do prowadzenia analiz danych na platformie RAP musi być potwierdzona stosownymi certyfikatami dostępowymi.<br />
Szczegółowo opisane w Zaproszeniu do składania ofert.<br />
</p>

<h2>Kryteria oceny</h2>
                <p>Cena - 100 %</p>
            
    </div>